3．宇宙演化学说：

牟子在回答时人责难佛经卷帙浩繁，而儒家经典言少事备时说：“佛经前说亿载之事，却道万世之要，太素未起，太始未生，乾坤肇兴，其微不可握，其纤不可入。佛悉弥纶其广大之外，剖析其窈妙之内，靡不纪之。”“太素”、“太始”、“乾坤”等语汇显然来自汉代纬书及道家典籍，汉代《易纬•乾坤凿度》说：“太易变，教民不倦；太初而后有太始，太始而后有太素，有形始于弗形，有法始于弗法” ；《易纬•乾凿度》也说：“夫有形生于无形，乾坤安从生？故曰有太易，有太初，有太素也” 。此种宇宙演化学说揭示了在天地万物形成之前的气分化演变的几个阶段，开始无气叫太易，产生气叫太初，气产生有形体的东西叫太始，万物素质基本形成叫太素。《淮南子•天文训》说：“天地未形，冯冯翼翼、洞洞浊浊，故曰太始。” 太始是一种道之在于自身的空虚混沌原初状态，由“太始”这种气的原初状态进一步运转分化产生天地、日月，进而产生万物。虽然佛教虽主张世界本体“五蕴皆空”，上述宇宙万物构成说在佛经中没有根据，但牟子为了论述佛经记载无所不包及佛之神力无所不在借用道家的宇宙演化学说可以说是一种理路上较为切合传统哲学思维方式的重要策略。

同时，牟子为了论述佛道与中国思想传统及政治伦理的一致性，还引证道家思想关于“道”的圆融性及其外化层面的阐释说明佛道并非虚无恍惚，空无一物。他说天道法四时，人道法五常，《老子》曰：“有物混成，先天地生”，“可以为天下母，吾不知其名，强字之曰道。”道之为物，居家可以事亲，宰国可以治民，独立可以治身。道家关于“道”的思想洞见是一种糅合了形而上的哲学义理与形而下的生活实践在内的综合性的文化体系，牟子在佛道之道与道家之道相通的基础上，用道家的政治理论、道德特性及处世智慧对佛道的社会价值给予了严谨的说明。

4．与儒家传统伦理道德之冲突：

在面对时人对佛教修行方式有违儒家传统伦理道德的责难时，牟子一方面认为佛教与儒家作为殊途同归的两种文化各有自身存在的价值，即从不同层面表达了人们对终极之道的追求。并在积极意义上肯定了“沙门修道德以易游世之乐，反淑贤以贸妻子之欢”的宗教戒律，其最终目的是要引导信众达到“清躬无为”的妙湛境界。他引《道德经》“名与身孰亲，身于货孰多”文认为妻子财物乃世人追求之余物，而佛道的根本价值在于超越现实物质条件局限的灵魂净化和精神皈依。而沙门剃头披赤布，见人无跪起之礼，虽然在形式上违反了儒家貌服威仪礼制，但引牟子依然引《老子》：“上德不德，是以有德，下德不失德，是以无德。”再次肯定了真正的宗教信仰和道德规范并非仅仅注重于外在形式要求，而是如同老子所指出的不受具体事物牵累的心思灵明、与道相通的精神境界。

在富贵观念方面，针对沙门“日一食，闭六情”专注于精神清修而视物质追求为负累的宗教行为方式，牟子首先引传统儒家观念认为：“富与贵是人所欲，不以其道得之，不处也，贫与贱是人之所恶，不以其道得之，不去也”，接着又在更高层次上引用《老子》“五色令人目盲，五音令人耳聋，五味令人口爽，驰骋畋猎令人心发狂，难得之货令人行妨，圣人为腹不为目。”强调过于奢华的物质生活对人的感官敏锐性和心思纯粹安宁是一种严重的阻碍，圣人所追求的同样是一种注重顺应自然的精神洞明。同时还以中国三皇之时“食肉衣皮，巢居穴处”清虚质朴的生活，认为其人虽无章黼之冠，曲裘之饰，但德行敦庞，允信无为。沙门的宗教修行，恰恰与此相似。

5．灵魂不灭：

灵魂不灭是佛教核心理论之一，也是佛教轮回报应观念进入中国世俗社会所面临的一个理论难点。对此，牟子打了一个比方：“身譬如五谷之根叶，魂神如五谷之种实；根叶生必当死，种实岂有终亡，得道身灭耳。”五谷根叶正如人的身体有生有死，而种子果实恰如人的灵魂不生不灭。牟子引用了《老子》文：“吾所以有大患，以吾有身也。若吾无身，吾有何患！”又曰：“功成名遂身退，天之道也。”《老子》文中关于身欲与疾患的关系与佛教的灵魂观念并不属于同一个理论论域，牟子的引证却不失为佛教视角的一种有助于阐明自身之误读。同时引《老子》文“既知其子，复守其母，没身不殆。”及“用其光，复其明，无遗身殃。”用身体与灵魂的关系附会道家道与德、无常与长久、灾殃与康泰的关系，认为《老子》同样谈论鬼神之务和生死之事，——“此道生死之所趣，吉凶之所住。而至道之要，实贵寂寞”的总结，与道家思想又有着一脉相承的精神气质。